Python for Bioinformatics

SEGUNDA EDICIÓN

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Una sólida introducción a la programación con Python, muy accesible para los lectores sin experiencia previa en programación. Python for Bioinformatics está pensado para biólogos, bioinformáticos y otros profesionales de las ciencias de la vida.

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Hubo muchos cambios desde la primera edición que fue escrita en 2009. La actitud de la empresa y el apoyo al software de código abierto en general y a Python en particular ha cambiado drásticamente. Microsoft soporta Python, como un ciudadano de primera clase, en su desarrollo de Visual Studio y en Azure. La versión actual de Python es 3.6. El desarrollo de software colaborativo con Git y Github es la norma. El desarrollo web es otra área que cambió significativamente durante los últimos siete años. Los frameworks reemplazaron a CGI/WSGI y las aplicaciones basadas en middleware. Aparte de la evolución del software, el autor ganó experiencia en desarrollo durante un proyecto de secuenciación genómica que formaba parte de un consorcio internacional y como Senior Software Developer en una compañía que el NYSE.

  • Python desde cero: Conceptos básicos de programación, instalando Python, modo interactivo, editores, tipos de datos (cadenas, Unicode, listas, tuplas, diccionarios, conjuntos), control de flujo (If-Else, For, While), funciones, generadores, módulos, uso de archivos incluidos CVS, JSON y archivos de operaciones, manejo de errores y programación orientada a objetos.
  • Biopython: Los módulos mas importante explicados con ejemplos de uso.
  • Una sección con tópicos avanzados tales como: desarrollo web (CGI y Bottle), XML, base de datos (MySQL, SQLite y MongoDB), REGEX y gráficos (Bokeh).
  • Recetas de Python con código comentado.

El libro contará con cuatro secciones principales:

Contenidos del libro

¿Por qué una segunda edición?

El autor

Sebastián Bassi es un biotecnólogo con experiencia tanto en desarrollo de software como en investigación bioinformática. Trabajó en una compañía líder de biotecnología donde realizó la base de datos de marcadores moleculares y en un instituto de investigación nacional donde participó en el proyecto internacional de la Secuenciación del genoma del tomate. Ambas posiciones involucraron el desarrollo en Python y la manipulación intensiva de datos biológicos. Creó la aplicación web para consultar una base de datos de micro ARN, que fue publicada en BMC Biología Vegetal . También trabajó en la primera distribución de Linux para bioinformática (DNALinux) . Actualmente está haciendo trabajo de consultoría para Globant, asignado a PLOS. Es Arquitecto de Soluciones Certificadas de AWS y frecuentemente es invitado a conferencias de Python.

Sebastian's photo

El código

Todos los ejemplos de código que se encuentran en el libro están disponibles en Github o como una notebook de Jupyter que se puede ejecutar en línea.

Ir a la página del libro en Github y hacer click en el botón verde "Clonar o descargar". El proyecto incluye todos los archivos .py listos para ser ejecutados localmente y archivos complementarios utilizados en el libro.




Jupyter logoGithub logo

Jupyter Notebook

Código en Github

El código puede correrse online en una notebook de Microsoft Azure Notebook (se requiere poseer una cuenta gratuita). Las Jupyter notebooks (en formato .ipynb) también pueden ser bajadas del directorio de Notebooks y correrla localmente si poseen una Jupyter instalada.




Comentarios sobre la segunda edición

Kenneth

"Second edition catches up new information, nice to have those new updates."

Abhishek Kumar

Krishna S. Morampudi

"I really recommend this book for all aspiring Bioinformaticians. Older version of Bassi's book helped me a lot when I was learning and still use it for reference. I really appreciate all your efforts."

"A Necessary and Timely Upgrade of Python for Bioinformatics, as Second Edition" for Wiley Online Library

Python for Bioinformatics

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Segunda edición.

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