バイオインフォマティクスのためのPython

第二版

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Pythonプログラミングの堅実な紹介、以前のプログラミング経験がなくても読者がアクセスできます.生物学者向けに書かれた、バイオインフォマティクスの専門家と銀行の科学者を念頭に置いています。

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2009年に初版が作成されてから、多くの変更がありました。一般にオープンソースソフトウェア、特にPythonに対するビジネスの姿勢とサポートは劇的に変化しました。Microsoftは、Visual CodeエディターとAzureでPythonを第一級市民として既にサポートしています。 Pythonの現在のバージョンは3.8です。GitとGithubを使用した共同ソフトウェア開発が標準です。Web開発は、過去7年間で大きく変化した別の分野です。フレームワークは、CGI / WSGIおよびミドルウェアベースのアプリケーションを置き換えました。ソフトウェアの進化に加えて、著者は、国際コンソーシアムのゲノムシーケンスプロジェクトで、ニューヨーク証券取引所に上場している会社のシニアソフトウェア開発者として開発経験を積んでいます。

  • 基本的なプログラミングの概念、Pythonインストール、インタラクティブモード、出版社、データ型 ( ひも、Unicode、リスト、タプラス、辞書、セット)、フロー制御 ( If-else, For, While), 機能、発電機、モジュール、CSV、JSON、ファイル操作を含むファイルの使用、エラー処理とオブジェクト指向プログラミング。
  • Biopython: Biopythonの最も重要なモジュールは使用例で説明されています。
  • 次のような高度なトピックを含むセクション : ウェブ開発 (CGIとボトル)、XML、データベース (MySQL、SQLiteと MongoDB) 、REGEX とグラフィックス (Bokeh)。
  • ソースコードがコメント化されたPythonレシピ。

本には4つの主要なセクションがあります。

本の内容

なぜ第2版なのか?

著者

SebastiánBassiは、ソフトウェア開発とバイオインフォマティクス研究の両方の経験を持つバイオテクノロジー専門家です。彼は、分子マーカーデータベースの修復を行う大手バイオテクノロジー企業と、トマトゲノムのシーケンスを行う国際的な取り組みのバイオインフォマティクスサポートを支援する国立研究所で働いていました。両方の職務には、Python開発と集中的なデータ操作が含まれていました。彼は、BMC Plant Biologyで公開されたマイクロRNAデータベースを調べるためのWebアプリケーションを作成しました。彼はまた、バイオインフォマティクスのためのLinuxDNALinuxの最初のディストリビューションにも取り組みました。彼はAWS認定ソリューションのアーキテクトであり、多くの場合Python会議に招待されています。

Sebastian's photo

コードを入手する

この本のすべてのコード例は、Githubで、またはオンラインで実行できるJupyter Notebookとして入手できます。

Github ブックページに移動し、緑色の[クローンまたはダウンロード]ボタンをクリックします。プロジェクトには、ローカルで実行する準備ができているすべての.pyファイルと、本で使用される補足ファイルが含まれています。




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Jupyterノートブック

Githubフォント

コードは、Microsoft Azure Notebook (でオンラインで実行できます無料のアカウントが必要です)。




第2版に関するコメント

Kenneth

「第2版は新しい情報を更新します。これらの新しい更新があると便利です。」

Abhishek Kumar

Krishna S. Morampudi

「バイオインフォマティクスのすべての申請者にこの本を本当にお勧めします。Bassiの本の以前のバージョンは、私が学習していたとき、私を大いに助けてくれました。」

Wileyオンラインライブラリの「第2版としてのバイオインフォマティクスのためのPythonの必要かつタイムリーなアップデート」

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Webpage translated to Japanese by Alexis Casadey